Pengurutan seluruh genom genom bakteri – alat dan aplikasi

Uraian Teknis

Kursus ini akan membahas topik Whencing genome sequencing (WGS) dari genom bakteri yang menjadi lebih dan lebih relevan untuk sektor medis. Teknologi dan aplikasi WGS tinggi dalam agenda politik internasional, karena metode klasik sedang digantikan oleh teknologi WGS dan oleh karena itu alat bioinformatik sangat penting untuk memungkinkan orang yang bekerja di sektor ini untuk dapat menganalisis data dan mendapatkan hasil yang dapat ditafsirkan. dan digunakan untuk berbagai tujuan. Kursus ini akan memberi peserta didik dasar untuk memahami dan berkenalan dengan aplikasi WGS dalam pengawasan bakteri termasuk identifikasi spesies, pengetikan dan karakterisasi resistensi antimikroba dan sifat virulensi serta karakterisasi plasmid. Ini juga akan memberikan kesempatan kepada peserta didik untuk belajar tentang alat online dan apa yang dapat mereka gunakan melalui demonstrasi tentang bagaimana menggunakan beberapa alat dan latihan ini untuk diselesaikan oleh peserta didik dengan menggunakan alat analisis WGS yang tersedia secara bebas.

Pada akhir kursus ini Anda harus dapat:

1. Jelaskan Prinsip umum dalam mengetik Bakteri
2. Berikan contoh penerapan Whole Genome Sequencing untuk Pengawasan patogen bakteri dan resistensi antimikroba
3. Terapkan alat genom untuk sub-mengetik dan pengawasan
4. Tentukan konsep Next-Generation Sequencing dan uraikan data sequencing dari NGS
5. Jelaskan bagaimana melakukan perakitan de novo dari bacaan mentah ke contigs
6. Menghitung metode di balik alat untuk identifikasi spesies, mengetik MLST dan deteksi gen resistansi
7. Terapkan alat untuk identifikasi spesies, pengetikan MLST dan deteksi gen resistansi dalam kasus nyata genom bakteri dan patogen lainnya.
8. Jelaskan metode di balik alat untuk mengetik Salmonella dan E.coli, deteksi plasmid replicon, dan mengetik plasmid
9. Gunakan alat untuk mengetik Salmonella dan E.coli, deteksi replika plasmid dan mengetik plasmid dalam kasus nyata genom bakteri dan patogen lainnya.
10. Jelaskan konsep dan dapat menggunakan pipa analisis bakteri terintegrasi untuk analisis batch dan mengetik data genom
11. Tunjukkan cara membuat pohon filogenetik berdasarkan SNP
12. Gunakan alat filogenetik untuk membuat pohon filogenetik dan jelaskan keterkaitan strain bakteri atau patogen
13. Jelaskan cara membuat database urutan Anda sendiri
14. Gunakan alat MyDbFinder untuk mendeteksi penanda genetik yang menarik dari pengurutan seluruh genom